Bakgrunn: Tap av fisk etter utsetting av smolt i sjøvann er et stort problem i norsk lakseoppdrett. En av årsakene til dette er at mange smolt ikke har gjennomgått en optimal utvikling, og er derfor ikke godt tilpasset et liv i sjøen med høyere saltkonsentrasjon og eksponering for nye patogener. I Synchrosmolt-prosjektet er hovedmålet å fremskaffe ny kunnskap om hvordan lys og gener - og samspillet mellom disse faktorene - bidrar til variasjon i smoltutvikling.  Metoder: Vi utførte et forsøk der 3000 laks ble behandlet med tre ulike protokoller for produksjon av smolt (1000 fisk pr gruppe); 24 timer lys i 14 uker, samt to protokoller med redusert daglengde i 6 uker (12:12 og 8:16) etterfulgt av 24 timer lys i 8 uker. Rett før utsetting i sjø, ble gjelle-biopsier tatt fra alle 3000 smolt, som så ble brukt til å lage individuelle genuttrykksprofiler. Genetisk variasjon ble også målt for 400,000 SNP-markører for estimering av arvbarhet og genetisk assosiasjonsanalyser. Overlevelse, helseparametere og tilvekst ble registrert gjennom ett år i en merd i sjøen.   Resultater: De tre lysbehandlingene gav ingen forskjeller i fiskens smoltstatus (visuell scoring), men smoltifisering under 24 timers lys gav 10% høyere smoltvekt og 10% lavere overlevelse i sjø (85%) de tre første månedene sammenlignet med de to andre smoltprotokollene. Det ble funnet betydelige arvbarheter for både smoltstatus (0.41±0.06) og overlevelse i sjø (0.22±0.06), og gunstige genetiske korrelasjoner mellom smoltvekt og smoltstatus (0.69±0.07) og smoltvekt og overlevelse i sjøen (0.54±0.15). Genetiske assosiasjonsanalyser fant flere genetiske varianter som påvirker genuttrykket til gener som er sentrale i utviklingen av en smolt-gjelle. I tillegg fant vi at en variant i promoteren til et gen som kontrollerer celledeling var assosiert med genuttrykket til >2250 gener. Blant disse genene var mitokondrie-relaterte funksjoner svært overrepresentert, som tyder på at denne genetiske varianten påvirker utviklingen av mitokondrie-rike celler, en av de mest sentrale prosessene som skjer i gjellene under smoltifisering.  Konklusjon: Våre resultater viser at smoltprotokoller med redusert daglengde gir høyere overlevelse de tre første månedene i sjø. I tillegg viser våre genetiske analyser at det finnes potensiale for å avle frem oppdrettslaks med mer synchron smoltutvikling - både når det gjelder morfologiske og molekylære smolt. Dermed kan vi få til en produksjon av fysiologisk mer uniform og sjøvannsklare populasjoner av smolt som vil øke dyrevelferd.