Immunresponsen som utløses i laksens hudlag er kritisk for evnen til å motstå infeksjoner. Noen parasitter, som lakselus, kan effektivt undertrykke immunresponsen til vertsarter (atlantisk laks), men de nøyaktige mekanismene involvert er ikke fullt ut kartlagte. Signalveier som gjør enkelte arter, stammer og familier av laks mer motstandsdyktige mot sykdom er også generelt dårlig forstått. Standard RNA-seq kan brukes til å gi et bredt bilde av hvordan den totale populasjonen av celler i en hudprøve reagerer på infeksjoner eller angrep, men disse metodene er ikke i stand til å skille mellom reaksjonene til ulike celletyper og hudlag, eller sammenligne responsen på stedet for infeksjon/feste sammenlignet med andre områder i huden. Her beskriver vi kartlegging av genuttrykksprofiler i hud fra atlantisk laks ved bruk av Spatial transcriptomics. Denne teknikken lar oss kartlegge genaktivitet i to dimensjoner i en ~6,5 mm2 vevsbit med ~10 cellers oppløsning. Vi viser også hvordan Spatial transcriptomics kan utfylle data fra Single-cell RNA-seq, og hvordan disse teknikkene kan integreres for å oppdage genetiske mekanismer involvert i immunologiske responser, for eksempel mot lakselus.