Bruk av J-faktor-korrigering i singel-steg genomisk prediksjon for å minimera bias på grunn av base-populasjon-forskjellar i avl av atlantisk laks

19 oktober 2022
Sal 3

Bruk av J-faktor-korrigering i singel-steg genomisk prediksjon for å minimera bias på grunn av base-populasjon-forskjellar i avl av atlantisk laks

Dei norske lakseavlsprogramma utnyttar aktuelle teknologiske nyvinningar i genomikk, for eksempel tette genomvide genetiske markørar, til genetisk betring av avlen i populasjonane. Genomisk seleksjon med genomisk prediksjon som nyttar tette markørar frå heile genomet er blitt standard metode for evaluering av avlsindivid. Men i mange avlsopplegg har ein ikkje genotypa alle individ sjølv om dei observerte fenotypane deira er relevante for å predikera avlsverdiar. Når ein har data både frå individ med og utan genotype blir tradisjonell genomisk prediksjon utvida til metoden singel-steg genomisk prediksjon (SSGBLUP) som kombinerer informasjon om fenotypar frå begge typar individ i ein felles analyse. Dette betrar prediksjonen ved å nytta all tilgjengeleg informasjon. Men SSGBLUP føreset at både genomisk slektskap (G) og anetavlebasert slektskap (A) byggjer på same basepopulasjon. Bias (prediksjonsavvik) som ein kan observera med SSGBLUP kan koma av at dei to basepopulasjonane ikkje er like. Ein måte å handtera dette på er å tilpassa ein ekstra fast kovariat (J-faktor). Føremålet med denne studien er å utvikla basekorreksjonsmetode som kan nyttast i akvakultur-avlsprogram. Utprøvinga er gjort med reelle data frå fleire generasjonar og fleire årsklassar av atlantisk laks frå MOWI GENETICS AS. Eigenskapane som blir studerte er sluttvekter, pankreassjukdom, lakselus og kardiomyopati. SSGBLUP både med og utan J-faktor blir modellert, både med ein eigenskap, og med fleire eigenskapar samtidig, i modellane. Evalueringa av modellane blir gjort med Legarra og Reverter-lineærregresjonsmetode. Modellane blir samanlikna med omsyn på bias, inflasjon og nøyaktighet til prediksjonane. Studien endar opp med ei tilråding av ein SSGBLUP-metode som kan inkludera fleire eigenskapar, fleire generasjonar og årsklassar, og som vil auka sikkerheten av avlsprediksjonane og minka biasen. Nøkkelord: Singelsteg genomisk prediksjon, J-faktor, Bias, Atlantisk laks

19 oktober 17:15-17:30