Pancreas Disease (PD) en alvorlig virussykdom forårsaket av RNA-viruset salmonid alfavirus (SAV) som rammer laksefisk i sjøfasen. SAV3 var i mange år den eneste subtypen i norske anlegg, men i 2011 ble også SAV2 oppdaget. I utgangspunktet har subtypene ulik geografisk utbredelse langs norskekysten, men begge er også funnet innenfor samme område. I tillegg har man kunnet dokumentere tilfeller av dobbeltinfeksjoner med SAV2 og SAV3 i samme fisk. Dette skaper bekymringer for at gener, eller deler av gener, vil kunne utveksles mellom subtypene (genetisk rekombinasjon) og føre til at det utvikles nye og mer virulente varianter av SAV. Gjennom tidligere prosjekter har vi vist at SAV3 kan rekombinere og danne såkalte defekte genomvarianter (DVG’er). Disse defekte genomene mangler enkelte deler (delesjoner) som varierer både i størrelse og i hvilken posisjon i genomet de er borte fra. Man antar at de fleste av disse DVG’ene ikke kan produsere levende virus, men det er vist at noen DVG’er vil pakkes som viruspartikkel og kan skilles ut av og infisere nye celler. Hos andre RNA-virus er det vist at forekomst av slike defekte genomer kan ha betydning for infeksjon og alvorlighetsgraden av denne, og på hvordan verten reagerer på infeksjonen (immunrespons). Høye konsentrasjoner av defekte genom i forhold til fullengdegenom som koder for levedyktige virus kan også påvirke resultater ved bruk av PCR-metodikk i diagnostikk. Dersom man i SAV kan identifisere delesjonskandidater som kan knyttes til et differensiert sykdomsforløp, så kan disse være et mål for molekylær manipulasjon. Sammen med mer tradisjonelle strategier for attenuering av virus åpner dette for mer effektive og sikrere attenuerte varianter, og potensielt også mer effektive DNA-baserte vaksine. Terapeutisk anvendelse som involverer DVG’er kan heller ikke utelukkes. Studier for å identifisere og karakterisere type, størrelse, sammensetning og mengde SAV delesjonsvarianter gjennom dypsekvensering, og funksjonelle studier for å studere betydningen av utvalgte delesjonsvarianter under infeksjon, er pågående og prosjektet vil også undersøke muligheten for genetisk rekombinasjon mellom subtypene SAV2 og SAV3 og hva slags utfall dette kan gi. Foreløpige resultater fra fullgenomstudier av SAV isolater hvor delesjonsvarianter er observert vil bli presentert.
