Laks spises ofte rå eller som lettprosesserte produkter og forekomst av den patogene bakterien Listeria monocytogenes er derfor en av de største utfordringene i lakseindustrien. Kontamineringsnivået av L. monocytogenes i norsk rå laks er svært lavt, men bakterien påvises jevnlig i produksjonsmiljøet, noe som utgjør en risiko for kontaminering av produkter. Påvisning av L. monocytogenes i ferdigpakkede produkter kan også føre til kostbare tilbaketrekkinger av hele produksjonsparti. Det er kjent at L. monocytogenes kan introduseres til produksjonsmiljøet fra flere kilder, inkludert personell, sjøvann og fra miljøet. Derimot er potensielle kontaminasjonsveier gjennom verdikjeden til Atlantisk laks, fra fôrfabrikker via oppdrettsanlegg og inn i slakteri/prosesseringsanlegg lite dokumentert.   Prosjektets forsøksdesign og valg av prøvetakingspunkter ble bestemt på grunnlag av en innledende fareanalyse av prosesser i hele verdikjeden ved hjelp av befaringer, arbeidsmøter med aktører i hele verdikjeden, samt litteratursøk. Tre fôrprodusenter (inkludert fôrbåter) og tre oppdrettsanlegg for laks (inkludert fôrflåter) ble fulgt med prøvetaking av fôr, fisk og miljøprøver fra fôr/oppdrett gjennom en periode på ca. ett år. Når fisken nådde sin kommersielle slaktevekt ble det tatt prøver ved brønnbåttransport, slakting, filetering og pakking. Totalt ble det tatt 1727 prøver fordelt på følgende hovedprosesser: 339 prøver fra verdikjede fôr, 1022 prøver fra sjøfase/brønnbåttransport og 366 prøver fra prosessering av fisken. Fordelingen av prøver fra miljø og fra fôr/fisk var henholdsvis 20 og 80 %. Listeria spp. og L. monocytogenes ble påvist i henholdsvis 8,0 og 2,3 % av prøvene.   Totalt 418 Listeria-isolater innsamlet fra ulike deler av verdikjeden, og i tillegg 76 isolater innsamlet i forbindelse med bedriftens egen kvalitetskontroll, ble sekvensert med ON-rep-seq som en pre-screeningsmetode for utvelgelse av isolater til helgenomsekvensering (WGS). Helgenomsekvenseringen av isolater klassifisert som L. monocytogenes fra ON-rep-seq resulterte i 11 ulike MLST sekvenstyper (ST). De mest dominerende sekvenstypene i dette materialet er ST37, 8, 20 og 394. Størst sekvensdiversitet (8 sekvenstyper) ble funnet blant isolater fra fôr og fôrmiljø sammenlignet med isolater fra filetavdeling der kun ST8, 37 og 637 ble funnet. L. monocytogenes isolert fra levende og død fisk i sjøfasen ble identifisert som ST20, 394 og 91, sekvenstyper som ikke ble gjenfunnet i prosesseringsmiljøet. ST20 ble også påvist i produksjonsmiljøet til en av fôrprodusentene.   Basert på resultatene i prosjektet kan vi konkludere med at det er en sammenheng mellom sekvenstyper identifisert i kontaminert fôr og slakteri/prosesseringsmiljøet. Smitteveien er derimot ukjent og mer forskning er nødvendig for å eventuelt spore sekvenstypene gjennom produksjonsfasen i sjø og under transport av levende/bløgget fisk.